日常管理由行政机构完成，设主任1名、副主任2名、办公室主任1名，具体职责如下：

主任（姜孝谟教授）：主要负责实验室总体技术的研究和战略发展，包括:计划审议、方案评审、方向指导等

副主任（毕祥军教授）：日常运行、后勤保障、平台建设

副主任（郝鹏教授）：科研活动、学科建设、国际合作与交流

办公室主任（连志强博士）：日常运行与管理，经费管理