实验室按照“开放、流动、联合、竞争”的运行机制，创造更好的科研环境和实验条件，使其逐步发展成为能在该领域中代表国家学术水平、实验水平和管理水平的实验研究基地和学术活动中心。       

实验室实行学术委员会指导下的主任负责制，实验室主任负责实验室的全面工作。学术委员会是重点实验室的学术指导机构，主要任务是审议实验室的目标、任务和研究方向，审议实验室的重大学术活动、年度工作。实验室设立专职秘书，协助做好实验室的日常管理工作。实验室设精干的固定人员、技术管理人员和流动人员，坚持按需设岗，按岗聘任，重视高层次人才引进。积极聘请承担国家重大科研项目的人员进入重点实验室工作。    

充分发挥和利用教育部重点实验室的研究平台和资源，根据研究方向设置开放基金，吸引国内外优秀科技人才到实验室开展广泛而深入的研究工作，为此，实验室设立了开放基金；同时积极开展高水平、高层次和实质性的国内外学术交流与合作。通过开展广泛的国内外学术交流与合作，在合作研究中培养和锻炼青年研究人员以及研究生，扩大国际影响。

实验室采用仪器设备相对集中，统一管理的方针，凡符合开放条件的仪器设备都对外开放，加强对实验室科研仪器设备的合理配置和有效运行的管理手段，使科研仪器真正为科研服务，为实验室做出有特色和创新性的工作提供强有力的技术支撑。   

加强对实验室的管理工作，是实验室整体实力和水平提高的重要保证，不论从宏观方面还是从微观方面都力争达到科学化、规范化管理，引入现代管理理念，建立各种有效机制，健全管理规章制度，保证实验室的正常运行。加强数据、资料、成果的科学性和真实性审核以及保存工作，并确保统计数据的真实性。